Objetivos Analizar la prevalencia de niveles de alfabetización en salud sexual y reproductiva (AS-SR), diferencias y su asociación con la percepción de salud según sexo y ciencia de estudio en universitarios. Métodos Estudio multicéntrico, transversal y analítico con 2146 estudiantes de 9 universidades chilenas. Mediante una escala original se midió el nivel de AS-SR, se calcularon estadísticos descriptivos, de diferencias, análisis factorial, fiabilidad, asociación y regresión logística. Se comparan prevalencias de niveles de AS-SR, puntajes de escala e indicadores de asociación, identificando categorías de riesgo de AS-SR limitada en la variable percepción de salud, según sexo y ciencia de estudio. Resultados La AS-SR limitada es similar en ambos sexos, pero varía según ciencia de estudio. Existen gradientes de prevalencias entre quienes se perciben menos sanos y quienes se perciben más sanos, con incremento de la prevalencia del nivel de AS-SR alta y disminución de la baja. Hay diferencias significativas de puntajes según ciencia y en menor proporción según sexo. Existe mayor riesgo de AS-SR limitada entre quienes no estudian medicina ni ciencias de la salud y se sienten “No tan sanos como otros” (OR 1,951, IC 95% 1,380-2,757) e “Igual de sanos que otros” (OR 1,359, IC 95% 1,031-1,791). La percepción de salud según sexo no brindó datos significativos. Conclusión Existe mayor riesgo de AS-SR limitada en estudiantes de otras ciencias de estudio y que no perciben su salud como “Más sano que otros”.